Den misstänkta våldtäkten ska ha ägt rum i en bostad i centrala Linköping i början av oktober.
Assistentåklagare Fanny Hellberg, som leder utredningen, uppger att hon inte kan uttala sig om fallet då det omges av sekretess.
Som skäl för häktningen framhölls att det för angivna brottet inte är föreskrivet lindrigare straff än två år och att den misstänkte på fri fot skulle kunna undanröja bevis eller på annat sätt försvåra utredningen.
Mannen nekar till anklagelsen som riktas mot honom.
Åtal ska vara väckt senast 21 oktober.
Fanny Hellberg uppger att utredningen är i sin linda och att det är oklart om hon kommer att hinna sammanställa allt material innan häktningstiden löper ut.