Händelsen inträffade, enligt åklagaren, på en adress i Linköping den 25 november förra året. 37-åringen ska ha tagit tag om sonens kropp så att han lättade från golvet samtidigt som han tryckte upp honom mot ett kylskåp. Tonårspojken tillfogades "smärta, rodnad och hudblödningar", enligt stämningsansökan.
Det påstådda brottet ska ha bevittnats av ett syskon till tonårspojken.
37-åringen, som nu har åtalats för misshandel och barnfridsbrott, har i förhör nekat till brott. Han uppger i förhör att han inte hade för avsikt att skada sonen.
Till den kommande rättegången i Linköpings tingsrätt har åklagaren kallat tre vittnen.