Ärendet är sekretessbelagt och polisen i Östergötland är förtegen om ärendet.
Händelsen ska ha ägt rum sommaren 2004.
-- Det handlar om ett barn i tioårsåldern, säger Mats Adolfsson, kriminalinspektör, östgötapolisen.
Den 36-årige mannen greps i onsdags i Värmland och fördes sedan till Linköping. Det var åklagarmyndigheten i Linköping som begärde gripandet.
Polisen säger inte varför mannen förts till Linköping men berättar att våldtäkten inte ägt rum i Östergötland.
Flera personer har förhörts av polisen men i dagsläget är inget ytterligare gripande planerat.