Totalt gick området med 6,5 miljoner i underskott och det ska nu betalas enligt de ekonomistyrregler som finns i kommunen (se faktaruta).
Enligt Ann Tollbäck har underskottet fördelats procentuellt på skolorna i området, men för Linghemsskolans del innebär det ändå att ett minus på 2,4 miljoner ska betas av under nästa treårsperiod.
Tollbäck tycker inte att kritiken - att hon inte lyssnade till de klagomål som framfördes - är rättvis.
- Jag lyssnade och agerade genom att försöka lösa det på ett bra sätt både för skolledningen och skolan.
Det handlade om såväl mänskliga som praktiska hänsyn som fick tas enligt Tollbäck.
Bland annat var arbetssituationen under våren 2006 extra tung för ledningen med omorganisation och ombyggnad på skolan.
I det skedet sattes extraresurser in och en del andra åtgärder vidtogs, enligt Ann Tollbäck.
Insatser som Linghemsskolan nu måste betala?
- Det är visserligen sant, men att underskottet enbart skulle bero på detta stämmer inte alls. Linghemsskolan är ju långt ifrån den enda skolan i området.
Är ledningen kvar på sina jobb i dag?
- Nej, de beslutade sig för att på egen begäran lämna sina tjänster och arbetar nu som rektor respektive lärare inom kommunen.
Förra sommaren blev Kungsberget-Linghem ett nytt skolområde. Men till skillnad från Linghemsskolan så går Kungsbergsskolan med ett överskott och har gjort så tidigare.
Pengar som vid hopslagningen användes för att täcka ett underskott och som nu återigen används för att täcka underskott på andra skolor i området.
Skolans två rektorer Catrin Månsson och Joakim Gode har inget att invända mot att det är "deras pengar" som används för att täcka en del av underskottet i området.
Tvärtom ser de det som självklart i den uppkomna situationen.
Att Kungsberget till skillnad från många andra skolor får ett överskott förklarar båda rektorerna med att skolan dels genom att de hittat ett system för samarbete och samverkan över årskursgränserna och dels genom att skolan tidigare fått så kallade kriteriepengar.
Att Linghem skulle få andra pengar för att täcka underskottet är inte troligt, enligt Ann Tollbäck.
- Jag sitter ju inte på några centrala medel. De pengar som finns går in i verksamheten.
Men hur känns det att skolor tvingas gneta för beta av stora underskott när kommunen går med 230 miljoner i vinst?
- På det sättet handlar det om olika ekonomier och det är verksamhetens ekonomi som inte gått ihop.
Men det är ju kommuninvånarnas pengar?
- Ja, men det är spelets regler och det är klart att det är tufft framför allt för de ute i verksamheterna.
En del kritiska röster vill vara anonyma i tidningen. Hur högt i tak är det egentligen i Linköpings kommun?
- Jag upplever inte att vi har lågt i tak och det får i så fall stå för dem som har sagt det. Jag tycker att det framförs kritik och jag försöker lyssna av och agera i den mån jag anser att det är möjligt.