Farsoten hade på måndagen lett till över 208 000 döda och mer än tre miljoner smittade, enligt Johns Hopkins University.
WHO är oroad över de stigande döds- och smittotalen i Afrika, östra Europa, Latinamerika och vissa asiatiska länder, i samma veva som antalen planar ut eller sjunker i en del rikare nationer.
– Vi har en lång väg framför oss, säger Tedros Adhanom Ghebreyesus i en videosändning från WHO-högkvarteret i Genève.
FN-organets chef hoppas att en andra smittvåg kan undvikas om rätt åtgärder sätts in. Men han hyser farhågor över barnen i de fattigaste länderna där vaccinprogram för andra sjukdomar hamnar på undantag i coronakrisen.
Ungefär 13 miljoner människor i världen har påverkats av förseningar i reguljära immuniseringar mot sjukdomar som polio, mässling, kolera, gula febern och hjärnhinneinflammation, enligt Tedros Adhanom Ghebreyesus. Vaccinbrist har rapporterats från 21 länder.
– Antalet malariafall i subsaharisk Afrika kan fördubblas, säger Tedros Adhanom Ghebreyesus.
– Det behöver inte hända, vi arbetar med länderna för att stötta dem.