Upploppet som startade under fredagsmorgonen, lokal tid, upphörde efter att representanter för fångarna gått med på samtal med ansvariga för fängelset på lördagen för att diskutera oron, rapporterar lokala medier.
Fångarna kräver bland annat att de som befinner sig i riskgrupper borde få sitta i förvar hemma i stället för i fängelset, de vill också ha bättre skydd mot coronaviruset i fängelset och att de som var på väg att friges innan virusutbrottet ska bli frigivna nu.
Fängelsedirektören smittad
Rädslan för virussmitta började spridas i fängelset efter att fängelsedirektören insjuknat i covid-19.
En stor andel av de intagna deltog i upploppen och beväpnade sig med kedjor och andra tillhyggen innan de tog sig upp på taket och protesterade. Banderoller med orden "Vi vägrar att dö i fängelse" syntes hänga från fängelsebyggnadens fasad.
Larm om explosioner
Rök och eldslågor syntes efter att madrasser satts i brand och vittnen ska även ha hört explosioner och skott avlossas.
Polisen omringade fängelset och bevakade upploppet från luften med helikopter.
Enligt uppgifter kan fängelset husera upp till 1 683 fångar, men just nu vistas runt 2 200 fångar där.
Det finns inga uppgifter på skadade eller dödade i upploppet.
Upplopp på andra fängelser
Flera andra upplopp bröt ut i andra fängelser förra veckan, bland annat i Florencio Varela-fängelset i södra Buenos Aires, där en fånge dog och 20 skadades.
Argentina införde en landsomfattande nedstängning i mitten på mars och hade under lördagen 3 435 bekräftade fall av coronasmitta och 167 dödsfall.