Hytten har spärrats av för teknisk undersökning.
Den misstänkte greps av personal ombord på färjan och Polisen tog över gripandet när den anlände till hamnen i Stockholm.
– Både den misstänkte och målsägande är vuxna personer, säger Polisens presstalesperson Carina Skagerlind.
En förundersökning gällande våldtäkt och misshandel är inledd.