En person ringde in till polisen vid halv tolv-tiden och slog larm om det misstänkt farliga föremålet ombord på tåget.
– Inringaren hade sett ett misstänkt föremål på ett pendeltåg och larmade oss. Tåget utrymdes och platsen spärrades av, och vi har flera patruller på plats för att utreda föremålet, säger polisens presstalesperson Angelica Israelsson Silfver.
All tågtrafik som passerar Gnesta station har stängts av efter beslut från polisen. Bombgruppen har kontaktats.
– I nuläget har vi ingen prognos för när det är över. Vi jobbar minutoperativt, säger Israelsson Silfver.
Ingen person har skadats eller gripits.
– Vi håller på att samla in information för att eventuellt kunna hitta en misstänkt person, säger Israelsson Silfver.
Polisen kan inte bekräfta medieuppgifter om att det förekommit ett bombhot i samband med larmet.
Tågtrafiken på sträckorna Stockholm C - Linköping/Norrköping/Nässjö/Malmö, Stockholm C - Katrineholm/Hallsberg/Karlstad/Göteborg påverkas av trafikstoppet, enligt Trafikverket.
– Det är helt stopp i tågtrafiken vid Gnesta, och det påverkar trafiken på båda sträckorna. Vissa tåg ska ledas om, men som resenär måste man kolla med tågbolaget vad som gäller, säger Beisy Sundin, presskommunikatör på Trafikverket.