Kim tar på sig ansvaret för den försämrade relationen och det uppskruvade tonläget mellan grannarna, och president Moon Jae-In har godkänt hans begäran om uppsägning.
Moons popularitet ökade tidigare under året till följd av hur landet har hanterat coronakrisen. Men de ökade spänningarna med grannen i norr har skadat förtroendet, som sjunkit till den lägsta nivån på tre månader, enligt en Gallupundersökning.